タイトルが気になったので読んでみました。
この２つのjavascriptフレームワークは人気がある訳ですが、両者のコンセプトや特徴が書かれている文献はあまり見かけませんでした。
それだけに内容が非常に興味深く、じっくり読んで見ました。
さて、この文献で非常に興味深かったのは、両者が目指している方向性でしょう。

MooToolsがJavaScriptを楽しくすることを目指す一方、jQueryはDOMを楽しくすることを目指し、その設計者はなすべきことの範囲を制限することを選んだのだ。

実際に両者のフレームワークを利用された方、又は利用されている方はこの内容は納得が頂けると思います。
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