タイトルが気になったので読んでみました。
この２つのjavascriptフレームワークは人気がある訳ですが、両者のコンセプトや特徴が書かれている文献はあまり見かけませんでした。
それだけに内容が非常に興味深く、じっくり読んで見ました。
さて、この文献で非常に興味深かったのは、両者が目指している方向性でしょう。

MooToolsがJavaScriptを楽しくすることを目指す一方、jQueryはDOMを楽しくすることを目指し、その設計者はなすべきことの範囲を制限することを選んだのだ。

実際に両者のフレームワークを利用された方、又は利用されている方はこの内容は納得が頂けると思います。

「MooToolsがJavaScriptを楽しくすることを目指す」というMootoolsは実際に利用してプログラミングしてみるとよくわかると思います。
特にオブジェクト思考やデザインパターンを習得中、または利用された経験のある方は楽しいと感じると思います。

私はそうでした。　私は個人でMootoolsを利用したライブラリ「iddy.js」を公開していますが、開発途中はめちゃくちゃ楽しかったです。
プログラミングしていて楽しいと思ったのは久しぶりでしたよ。

必要な機能がある程度揃っているバランスの取れたMootoolsは私の実現したいことを簡単にしてくれて、プログラミングする側に考えさせるような刺激を与えてくれました。
プログラミングをする上で「考えさせる」ということは重要だと思います。頭を使わせプログラミングさせることによって、より効率的なコードや設計に意識が行くようになります。
つまり、よりよい設計や最適なコードをかけるようになります。
これが私なりのMootoolsを利用することのメリットです。

さて、次はjQueryですが、「DOMを楽しくすることを目指す」とあるとおり、DOMのめんどくさい部分をjQueryが補ってくれています。
とくに、複雑な要素指定ができるセレクタは非常に強力です。いちいち、getElementByIdやgetElementByTagNameなどと書かないといけないDOMは面倒です。
また、短いメソッド名やメソッドチェーンを利用することにより、書かなければならないソースコードが少なくなり、利用者側に「サクサク感」を提供してくれます。
この「サクサク感」がjQueryを利用する際の楽しさでしょう。

簡単なプログラミングをサクッと終わらせたい場合はjQueryは非常に便利です。
私も簡単なプログラミングをしなければならない場合は、jQueryをよく利用します。

以上、簡単な私なりの感想を書かせて頂きましたが、他の皆さんはどうでしょうか？
自分以外の人の感想も聞いてみたいです。